为进一步深化学报改革，塑造学报形象，扩大刊物影响，提升办刊质量，经云南省新闻出版局审核并报国家新闻出版广电总局批准，同意《昆明理工大学学报（理工版）》从2013年起正式变更改版为《昆明理工大学学报（自然科学版）》，原刊号“CN53—1123/T”作废，新编国内统一连续出版物号为“CN53—1223/N”，办刊宗旨为“贯彻国家教育方针，配合本校教育教学工作，刊发自然科学各学科基础理论与应用研究成果，加强教学、科研与学术交流，促进人才培养与学校发展”。
《昆明理工大学学报（理工版）》自1959年创刊以来，始终坚持繁荣学术，突出质量，彰显特色，注重效益的办刊理念，刊物质量和学术影响不断提高，2004年被评为“中国科技核心期刊”，2008年入选“中文核心期刊”，2013年入选RCCSE“中国核心学术期刊（A）”。
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